En matière d'assainissement collectif, le SIEAM exerce en régie la compétence pour le compte des 17 communes du département. Le zonage d’assainissement réalisé à Mayotte en 2006 et mis à jour en 2010 identifie le territoire de compétence du SIEAM, qui couvre 76% de la population.
La « RUPéisation » du département et l’application de la directive 91/271/CEE du 21 mai 1991 relative au traitement des eaux urbaines résiduaires, dite « directive ERU » à Mayotte entraînent des objectifs ambitieux pour le département. Elle fixe à 2020 la réalisation des installations d'assainissement pour les communes de plus de 10 000 équivalents habitants et 2027 pour les autres.
Le patrimoine de l’assainissement s’appuie majoritairement sur des dispositifs de faible capacité (< 1000 EH) et quatre stations d’épuration plus importantes (Baobab, Dembéni, Dzoumogné et M’ronabéja).
Ce parc, composé de 33 stations d'épuration, présente un certain nombre de dysfonctionnements sur les mini-step et une difficulté de mise en charge sur les grosses unités. Ceci est en partie dû à l’étape de raccordement de l’abonné qui constitue souvent un point critique pour l'efficacité des projets, insuffisamment pris en considération tant lors de la conception que de la conduite des projets : arrivée de l'eau à l'intérieur du domicile, existence de sanitaires, coût du raccordement puis de l'eau, sensibilisation usagers, etc.
Selon le recensement de 2012, 18 % des habitants étaient raccordés à un dispositif d’assainissement collectif.
La compétence assainissement non collectif est aujourd'hui exercée dans les communes, mais aucune ne s’est dotée d’un service public d'assainissement non collectif (SPANC). La loi NOTRe prévoit un transfert obligatoire de la compétence aux EPCI avant 2020. C'est un sujet sur lequel le SIEAM doit se positionner auprès des EPCI pour tenir compte dans ses propres projets des actions qu'ils conduiront pour diagnostiquer et contrôler les installations existantes.
L'état des lieux réalisé en 2013 dans le cadre du schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux (SDAGE) 2016-2021 de Mayotte identifie aujourd'hui l’assainissement comme l'une des principales causes de la dégradation de l'état des eaux à l'échelle du département, avec les eaux pluviales et les déchets.
La contamination des eaux et des milieux est à l'origine de problèmes sanitaires importants, et plus particulièrement dans un contexte où une partie de la population n'a pas accès à l'eau du service public.
Conformément au programme de mesures annexé au SDAGE, la reconquête de la qualité des milieux et d'une eau en bon état (objectifs fixés dans la directive cadre sur l'eau – DCE, et également dans la directive 2006/7/CE sur la qualité des eaux de baignade, qui impose une qualité d’eau au moins suffisante pour les sites de baignade de Mayotte d’ici le 31 décembre 2031) passe par l'amélioration des installations existantes et par la réalisation de projets structurants pour assurer la collecte et le traitement des eaux usées à l'échelle du département.